学校现设有基础医学院、中药学院、针灸推拿学院、管理学院、护理学院、人文学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、研究生院、国际学院、继续教育学院、远程教育学院、台港澳中医学部等教学机构。学校致力于构建面向新世纪的以高层次教育为主的人才培养体系，目前设有中医学、中药学、中药制药、药学、针灸推拿学、公共事业管理、工商管理、护理学、英语（医学）、法学（医药卫生）10个本科专业。
学校是全国中医药院校中首批建立博士学科点和博士后科研流动站的单位之一，设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站。中医学、中药学、中西医结合3个一级学科均具有博士学位授权，囊括40个二级学科博士学位学科授予点，并有43个硕士学位学科授予点。学校现有一级学科国家重点学科2个，涵盖二级学科国家重点学科15个，有国家中医药管理局重点学科48个，一级学科北京市重点学科2个，二级学科北京市重点学科8个，重点学科建设在全国中医药院校中保持领先地位。
学校现有直属附属医院3所，有国家临床重点专科10个，国家中医药管理局重点专科35个。建设全国中医学术流派和全国名老中医药专家传承工作室25个。东直门医院（第一临床医学院）创办于1958年。经过半个多世纪的艰苦创业，已经发展成为一所集中医、中西医结合医疗、教学、科研于一体的大型现代化综合性三级甲等医院，率先成为全国示范中医医院，首批列入北京市医疗保险定点医院，是国家食品药品监督管理局临床药理基地、民政部“明天计划”脑瘫患儿手术康复治疗定点医院。东方医院（第二临床医学院）创办于1999年，已建设成环境优美、布局合理、设备先进、人才优化、管理科学、医疗水平一流、中医特色突出、具有综合服务功能的三级甲等医院，是全国示范中医医院、全国中医脑病中心、全国中医急症中心。第三附属医院（第三临床医学院）创办于1964年，是三级甲等中西医结合医院，北京市定点中西医结合医院，国家第三批重点中西医结合医院建设单位。学校另有临床教学基地37所，承担着全校学生的临床教学、实习、见习工作。
自建校之初，学校即在全国高等中医药院校中最早接收外国留学生，已为世界89个国家和地区培养了14000余名中医药专门人才，并先后与27个国家和地区的92所知名大学和研究机构建立了良好的合作关系。
学校主办有国家级学术期刊《北京中医药大学学报》、《北京中医药大学学报（中医临床版）》和《中医教育》杂志，是中医药学术交流的重要园地。
面对高等教育和中医药事业发展的新形势，学校正加快发展步伐，主动适应国家经济建设和社会发展的需求，坚定不移地走教育创新和内涵发展之路，为建设“有特色、高水平、国际知名的研究型大学”而努力奋斗。
北京中医药大学是一所以中医药学为主干学科的全国重点大学，是唯一进入国家“211工程”建设的高等中医药院校，也是“985”优势学科创新平台建设院校，直属教育部管理，由教育部、国家卫生和计划生育委员会(原卫生部)、国家中医药管理局和北京市共建。学校现任党委书记吴建伟，校长徐安龙。
学校创建于1956年，原名北京中医学院，是新中国最早成立的高等中医院校之一，1993年更名为北京中医药大学，2000年与北京针灸骨伤学院合并组成新的北京中医药大学。
在长期的办学实践中，学校秉承“追求卓越，止于至善”的办学理念，发扬“勤求博采，厚德济生”的校训精神，致力于传承中医药学术和文化，是我国培养高层次创新型中医药人才、解决中医药重大科技问题、防治重大疾病和疑难杂病的重要基地,为中医药事业和人类健康事业的发展做出了重要贡献，已经成为在国内外享有盛誉的集教学、科研、医疗于一体的著名中医药高等学府。
学校现有教职工4422人，专任教师972人，其中具有高级专业技术职务者占64%，具有硕士以上学位者占73%；有博士生导师314名。学校现有“国医大师”2人，“长江学者”特聘教授3人，国家自然科学基金委员会杰出青年基金获得者2人，“973”项目首席科学家4人，国务院学科评议组成员3人，国家级百千万人才7人，国家级有突出贡献中青年专家7人，享受政府特殊津贴专家89人，形成了一支以国内外著名专家学者和国内有影响的中青年教授为主的师资队伍。
学校现有全日制在校生9279人，其中本专科生6108人，硕士研究生2507人，博士研究生664人，博士和硕士研究生占34.2%，境外学生占13.3%。另有继续教育学员3826人，远程教育学员16010人，目前全校各类在校生达29115人。
